В 1648 г. во время шведской осады Праги особенно пострадала ее западная сторона, обращенная к мосту, когда-то она, подобно восточной, также была украшена вписанным в готическое обрамление изображениями восседающей на троне мадонны, чешского короля и римского императора Карла-IV и его жены Элизы Поморанской. После реконструкции под руководством К.Лураго и Д.Спинетти (1650–53) на этой стороне появилась каменная доска с латинским текстом в память о героической борьбе пражан и студентов Клементинума со шведами (в боях принимали участие и 30 профессоров второго пражского университета).
Как известно, в 1621 г. на фасаде башни в целях устрашения появилось жуткое «украшение»:
12 голов казненных за участие в сословном восстании против Габсбургов, которые висели там в железных корзинах 10 лет (после чего тайно ночью были сняты и захоронены).

В 1252 г. занял на века свое место при костеле св. Духа монастырь ордена Крестоносцев с красной звездой, единственный в Чехии. Фрагменты трехнефного костела св. Духа остались в фундаментах храма нынешнего, барочного.

Храм св. Франциска обогатил своим великолепным куполом городскую панораму и вместе с тем встал в ряд самых гармоничных барочных культовых построек Праги. Благодаря таким характеристикам, как умеренность пропорций и чистота формы, постройка стала равноценным партнером Мостовой башни.